保险公司赔偿可以不在指定修车厂维修，因为保险公司是根据定损结果赔偿的，而不管在哪儿修。但是需要注意以下几点：

1、车辆维修前需确定损失部位的维修方式。

首先，保险公司对于损失部位的定损原则。一般来说，保险公司对车辆损失部件的处理意见以修复为主，即损失部件可以进行修复使用，且修复后不影响该部件的正常使用功能的，应当进行修复处理。如果损失部件无法修复的，可以更换损失部件。

所以，在对车辆损失部件进行定损时，首先就要与保险公司和维修单位确定损失部件中，哪些是予以修复的，哪些是予以更换的，避免后期维修中因损失部件维修还是更换而产生争议。

2、确定车辆维修费用金额。

在车辆维修中，维修费用的高低也是比较常见的争议之一。保险公司对于车辆维修费用一般是按照维修单位的资质等级来核定的。对于更换的损失部件则是按照配件市场区域价格进行报价。

但是，部分维修单位可能因为配件进货渠道等原因造成配件价格高出保险公司报价，或者其他原因造成维修工时费用较高。在这种情况下，应该在保险公司定损人员、修理厂接待人员三方都在的时候，共同协商好修理总费用。

3、定损和维修尽可能在同一地点。

除了做到以上两点以外，还必须要注意的是定损地点与维修地点要尽可能在同一家维修单位。因为如果车是在4S店定损，也确认好了维修项目以及维修金额。事后又到社会修理厂去维修，且按照4S店定损金额支付维修费用，那么就有可能要承担损失了。因为，保险公司对于4S店与社会维修厂的定损价格标准是不一样的，保险公司是按照实际修理厂标准确认维修金额标准。