1、因地制宜原则。不同区域具有不同的自然环境，如气候、水文、地貌、土壤条件等，区域差异性和特殊性要求在生态修复时要因地制宜，具体问题具体分析。依据研究区的具体情况，在长期试验的基础上，总结经验，找到合适的生态修复技术。

2、生态学与系统学原则。生态学原则要求生态修复应按生态系统自身的演替规律，分步骤、分阶段进行，做到循序渐进。生态修复应在生态系统层次上展开，要有系统思想。

3、可行性原则。可行性原则要求生态修复的经济可行、技术措施可行，并且社会可接受。经济可行要求在实施生态修复时，应有一定的物力、人力和财力保证；技术措施可行要求在生态修复过程中实施的技术措施，在实践操作中具有可行性；社会可承受性原则要求生态修复工程的启动，必须保障人民群众的生产和生活，并符合修复区广大人民群众的愿望。

4、风险最小、效益最大原则。由于生态系统的复杂性和某些环境要素的突变性，加之人们对生态过程及其内在运行机制认识的局限性，人们不可能对生态修复的后果、生态演替的方向进行准确的估计和把握。从某种意义上讲，生态修复具有一定的风险性，生态修复需要大量人力、物力、财力的投入。

5、自然修复和人为措施相结合原则。生态修复应遵循人与自然和谐相处的原则，控制人类活动对自然的过度索取，停止对大自然的肆意侵害，依靠大自然的力量实现自我修复。

6、此外，还要考虑生态修复的自然原则、美学原则等。但是，任何原则都是建立在以人为本、人与自然和谐相处这一最基本原则之上的。实施生态修复的基础是退化生态系统的现有状态，因此应因地制宜地实施区域的生态修复措施